Ústav aplikované a krajinné ekologie AF MZLU v Brně byl založen v roce 1990 z podnětu prof. V. Vaníčka pod názvem Ústav krajinné ekologie, jako první a nadlouho jediné univerzitní pracoviště v republice s tímto názvem.

   Prvním vedoucím byl Doc. Ing. Jiří Pall, jenž stál v čele ústavu plných 12 let. Od 1. 9. 2003 do 31. 8. 2014 byl vedoucím ústavu Prof. Ing. František Toman, CSc. Od 1. 9. 2014 je vedoucí ústavu doc. Ing. Dr. Milada Šťastná.

   Po restrukturalizaci a přestěhování do nových prostor v pavilonu Q má ústav v současné době 32 pracovníků - 12 akademických pracovníků a 8 technických a administrativních pracovníků. S ústavem spolupracuje řada externistů z výzkumných ústavů a univerzit.

   Nadstandardní kontakty ve výzkumné i pedagogické oblasti s partnerskými pracovišti: SPU Nitra (SK), BOKU Wien (A), University of Ljubljana (SLO), Akademia Rolnicza ve Wroclawi (PL), Tallinn University (EE), Alterra Wageningen UR (NL), Swedish Univ. of Agricultural Sciences, Alnarp (S), OKIA Tallinn (EE), Wageningen Business School (NL), Cemagref Cestas (F), Nottingham University (UK), Gödöllö University, Corvinus University of Budapest (HU), University Salzburg (AT), University M. Luther, Rostock (D).